Emiya Shirou est un lycéen en appareance normal. Toutefois il cache un secret, il dispose de pouvoirs latents de magicien. Dans son enfance, il a été le seul survivant d'un combat qui a détruit la ville de Fuyuki. Même ses parents sont morts lors de ce combat. Il a été receuillit par un homme se disant lui-même magicien, qui est mort entre-temps. Désormais Emiya vit seul, avec toutefois le soutien d'amis et d'anciennes connaissances de son père adoptif. Toutefois cette tranquillité va bientôt prendre fin. En effet il est prédit que 7 magiciens vont se réunir à Fuyuki afin de se battre pour le Graal De Houx, qui donnera à son propriétaire le droit à un voeu. Pour se battre, les magiciens peuvent invoquer des servants (esprits d'anciens heros) qui se battront pour eux. Ces servants sont qualifiés ainsi : Epéiste, Archer, Assassin, Berserker, Lanceur de sort, Lanceur de jets et Cavalier. Les nommer révéleraient leur faiblesse, on les appelle donc par leur qualificatif. Chaque magicien s'associe à un serviteur, et les paires doivent se battrent entre elles jusqu'à ce qu'il n'en reste plus qu'une. Emiya va se retrouver bien malgrès lui entrainé dans ce combat pour le Graal De Houx.

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